Bei einigen Hunderassen ist die Gefahr genetischer Defekte gegeben. Diese werden besonders durch die ständige Einkreuzung des gleichen Genmaterials begünstigt, wie es bei der Zucht in isolierten Gebieten, wie Inseln, der Fall ist. Aber auch zur Erreichung von „Zuchtzielen“ wurden und werden manchmal genetische Defekte bewusst ausgenutzt bzw. in Kauf genommen. Bekannt sind hier z. B. die Hüftgelenksdysplasie (HD), die Ellbogengelenksdysplasie (ED), die sogenannte Dackellähme oder der Merle-Faktor (ein genetischer Farbdefekt, welcher sich durch eine als Tigerschecke bezeichnete Grauscheckung auszeichnet). Die Gelenksveränderungen sind hauptsächlich auf das „Schönheitsideal“ im Bezug auf den Körperbau, z. B. den schräg abfallenden Rücken des Schäferhundes oder den überlangen Rücken des Dackels zurückzuführen. Folgen derartiger Gendefekte können von Schmerzen bei der Bewegung bis hin zu völliger Lähmung führen. Ein weiterer durch Zucht entstandener Defekt am Knochengerüst ist das weniger bekannte Wobbler-Syndrom. Dies tritt vor allem bei langhalsigen Rassen wie dem Dobermann und der Deutschen Dogge auf und bezeichnet mindestens einen deformierten Halswirbel (meistens C7). Der deformierte Wirbel ist instabil. Dies kann im schlimmsten Fall zur Verengung des Rückenmarkskanal führen und dadurch zur Lähmung der Vorderbeine.

Weniger bekannt ist ein Gendefekt der speziell bei Langhaarcollies entdeckt wurde, aber auch bei mit Collies verwandten Rassen wie beim Australian Cattle Dog und bei zahlreichen anderen britischen Hütehunderassen auftritt. Dieser Defekt, der MDR1-Defekt, verhindert die Synthese eines bestimmten Eiweißes. Das Eiweiß spielt eine wichtige Rolle bei der Entgiftung. Es ist u. a. für die Blut-Hirn-Schranke wichtig, wo es dafür sorgt, dass bestimmte medizinische Wirkstoffe nicht in das Gehirn gelangen können. Fehlt das Eiweiß, kann das Tier an bestimmten Medikamenten sterben. Dieses Eiweiß kommt aber auch in vielen inneren Organen (Leber, Niere,…) vor. Hier ist noch nicht weiter bekannt, welche Folgen sein Fehlen haben kann. Auch Zusammenhänge mit Todesfällen nach einer Narkose werden diskutiert.